一、办公室

　　负责中心行政事务和综合协调工作，承担综合性文稿起草，会议、公文、印章、档案管理以及政务信息、新闻宣传、督查督办、安全保密、应急管理、信访接待和后勤保障工作。 负责编制中心预算、决算并监督预算执行。负责中心经费管理、日常财务管理以及国有资产核算与监管工作。承办中心交办的其他事项。

二、综合业务处

　　负责中心业务工作的综合协调和组织管理。组织开展相关监测与安全性评价工作技术标准、规范及质量管理规章制度的制修订并监督实施。组织开展相关监测与上市后安全性评价的技术咨询和国际（地区）交流合作。承担《中国药物警戒》的编辑出版工作。指导地方相关监测与上市后安全性评价工作。承办中心交办的其他事项。

三、化学药品监测和评价部

　　承担化学药品不良反应监测与上市后安全性评价工作。参与拟订、调整国家基本药物目录。承办中心交办的其他事项。

四、中药监测和评价部

　　承担中药、民族药及天然药物不良反应监测与安全性评价工作。组织开展非处方药转换评价工作，参与拟订、调整非处方药品种目录。承办中心交办的其他事项。

五、生物制品监测和评价部

　　承担疫苗疑似预防接种异常反应监测数据分析与评价工作。承担生物制品不良反应监测与上市后安全性评价工作。承担药物滥用监测工作。承办中心交办的其他事项。

六、医疗器械监测和评价部

　　承担医疗器械不良事件监测与上市后安全性评价工作。承办中心交办的其他事项。

七、化妆品监测和评价部

　　承担化妆品不良反应监测与上市后安全性评价工作。承办中心交办的其他事项。

八、科研和信息管理处

　　负责中心科研活动的组织管理。拟订中心科研发展规划并组织实施。组织开展监测与上市后安全性评价新技术新方法新标准研究。承担国家药品监督管理局药物警戒关键技术研究与应用重点实验室日常工作。负责中心信息化的综合协调和组织管理。拟订信息化建设规划并组织实施。承担全国药品不良反应监测系统的建设管理工作。承办中心交办的其他事项。

九、党委纪委办公室（人事处）

　　负责中心党委、纪委日常工作。拟定并组织落实党建、纪检工作计划和制度。承担中心党组织建设、纪律检查、党风廉政建设以及党员、干部日常教育管理等具体工作。承担中心干部人事、机构编制、工资保险、教育培训、干部监督等工作。拟定人才队伍建设规划并组织实施。承担中心工会、共青团、妇委会等群团管理和统战工作。承担退休人员管理服务工作。承办中心交办的其他事项。